Do Krajowego Systemu e-Faktur możemy zalogować się po odpowiednim uwierzytelnieniu. Osoba fizyczna będąca użytkownikiem KSeF uwierzytelniania jest przy pomocy kwalifikowanego podpisu elektronicznego, podpisu zaufanego (Profilu Zaufanego) lub za pośrednictwem API i wygenerowanego wcześniej tokenu. Należy jednak pamiętać, że tokeny są rozwiązaniem przejściowym dostępnym tylko do końca 2026 r. Począwszy od 1 stycznia 2027 r. zastąpią je certyfikaty KSeF, o których nadanie występować można już od 1 listopada 2025 r. i z których korzystać będzie można już od 1 lutego 2026 r.

Przykład: https://www.fillup.pl/pomoc-fillup/polaczenie-z-ksef-krajowym-systemem-efaktur-w-aplikacji-fillup-efaktury/logowanie-do-portalu-ksef/  
Podmiot niebędący osobą fizyczną dokonuje autoryzacji w systemie przy użyciu kwalifikowanej pieczęci elektronicznej. Możliwe jest również złożenie w odpowiednim urzędzie zawiadomienia ZAW-FA, w którym zostanie wskazana określona osoba fizyczna.

Każdy podatnik będzie miał również możliwość uprawiania innych osób do obsługi KSeF w jego imieniu. W systemie przewidziane są zarówno uprawnienia dla biura rachunkowego, jak i również dla poszczególnej osoby fizycznej. W związku z tym, w imieniu podatnika mogą w KSeF występować np. księgowi.

Jeżeli wystawiamy fakturę ustrukturyzowaną, datą wystawienia faktury jest data jej przesłania do Krajowego Systemu e-Faktur. Warto zatem pamiętać, że momentem kluczowym jest data przesłania faktury ustrukturyzowanej do KSeF, która skutkuje powstaniem obowiązku podatkowego w sytuacjach, gdy data wystawienia faktury decyduje o powstaniu obowiązku podatkowego. Jest to szczególnie istotne na przełomie miesiąca. Może się bowiem zdarzyć, że faktura pomimo wprowadzenia do KSeF, z powodu opóźnień systemowych związanych z jej wysyłką, zostanie do niego przesłana w kolejnym już miesiącu.

W KSeF istnieje możliwość wystawienia faktury korygującej. Faktura ustrukturyzowana może zostać poprawiona poprzez fakturę korygującą wystawioną w KSeF. Faktura korygująca powinna zawierać numer identyfikacyjny faktury pierwotnej wystawionej w KSeF, jak również własny numer identyfikacyjny oraz datę jej wystawienia.

Krajowy System e-Faktur nie limituje liczby wystawianych faktur korygujących, możemy ich wystawić tyle, ile potrzebujemy.

Do szczególnych sytuacji należy wystawienie faktury ustrukturyzowanej z błędnym numerem NIP nabywcy. Wówczas wystawiamy w KSeF również fakturę korygującą, która będzie obniżała wartość podstawy opodatkowania do zera. Następnie wystawiamy kolejną pierwotną fakturę, wprowadzając poprawne dane nabywcy. Sytuacja ta wynika ze specyfiki działalności systemu KSeF. Należy również pamiętać, że w KSeF nie ma możliwości korygowania faktur ustrukturyzowanych poprzez noty korygujące. Zatem wraz z rozpoczęciem użytkowania KSeF możliwe będzie jedynie skorygowanie faktury poprzez fakturę korygującą.

W systemie KSeF nie będzie konieczności wystawiania duplikatu faktury. Faktury ustrukturyzowane będą przechowywane w systemie i nie będzie możliwości ich zniszczenia lub zaginięcia.

Faktury ustrukturyzowane można wystawić przy użyciu programów komercyjnych np. do wystawiania faktur lub programów księgowych. Przesyłanie do KSeF danych dotyczących wystawionych faktur jest możliwe przy użyciu programów np. firmly albo fillup i nie wymaga "ręcznego" wpisywania danych z wystawionych faktur do systemu KSeF.

Wyróżniono trzy tryby offline związane z niedostępnością KSeF: w okresie zaplanowanych prac serwisowych, w razie awarii KSeF oraz na wypadek awarii całkowitej w związku z sytuacjami nadzwyczajnymi (zagrożenie kraju lub jego infrastruktury). Tylko w przypadku awarii całkowitej podatnik wystawia fakturę poza KSeF i również z pominięciem KSeF przekazuje ją nabywcy. Nie ma wówczas ani obowiązku przesłania faktury do KSeF po ustaniu awarii, ani zaopatrywania ją w kody QR.

Natomiast w zwykłym trybie offline, czyli w razie zaplanowanych prac serwisowych albo awarii KSeF, fakturę należy wystawić w KSeF i zaopatrzyć ją w dwa kody QR - OFFLINE i CERTYFIKAT. Gdy tryb offline wynika z planowanych prac serwisowych, wówczas podatnik przesyła fakturę do KSeF w następnym dniu roboczym po zakończeniu okresu niedostępności w celu nadania fakturze numeru KSeF. Jeśli natomiast dochodzi do awarii KSeF, to wówczas - w celu nadania fakturze numeru KSeF - należy fakturę przesłać do KSeF nie później niż w ciągu 7 dni roboczych od dnia zakończenia awarii, a nabywcy udostępnić ją poza KSeF w sposób z nim uzgodniony.

Do prawidłowego wystawienia faktury ustrukturyzowanej potrzebujemy dostępu do internetu. Będąc w trybie offline nie połączymy się z systemem KSeF. Jeśli nie możemy skorzystać z KSeF z przyczyny leżącej po naszej stronie, np. nie mamy dostępu do internetu, to wówczas wystawiamy fakturę zgodną ze wzorem e-faktury (tj. plik XML) w trybie offline24 zaopatrując ją w dwa kody QR - OFFLINE i CERTYFIKAT. Podatnik zobowiązany jest tak wystawioną fakturę przesłać do KSeF w następnym dniu roboczym, po dniu jej wystawienia.

W świetle przepisów dotyczących KSeF, wystawianie faktur przy zastosowaniu kas rejestrujących oraz paragonów fiskalnych z NIP nabywcy do kwoty 450 zł będzie możliwe do dnia 31 grudnia 2026 roku. Od 1 stycznia 2027 roku będzie istniała możliwość wystawienia faktury uproszczonej, jednak tylko przy wykorzystaniu KSeF.

Obowiązek korzystania z KSeF ma wejść w życie 1 lutego 2026 r. dla dużych czynnych podatników VAT, natomiast dla pozostałych podmiotów (w tym zwolnionych) od 1 kwietnia 2026 r. Kary za nieprzestrzeganie obowiązku stosowania systemu KSeF przy fakturowaniu mają obowiązywać dopiero od 1 stycznia 2027 roku. Maksymalna wysokość kary może wynieść, aż 100% wysokości kwoty podatku wykazanego na fakturze wystawionej poza KSeF, a w przypadku faktury bez wykazanego podatku – kara pieniężna wynosić będzie do 18,7% wysokości kwoty należności ogółem wykazanej na fakturze wystawionej poza KSeF. Należy mieć również na uwadze, że w okresie przejściowym, tj. między 1 lutego 2026 roku a 31 grudnia 2026 roku, choć nie będą jeszcze obowiązywać kary ustawowe, to nie można wykluczyć ewentualnych kar z tytułu odpowiedzialności karnoskarbowej.

KSeF, co do zasady obejmie wszystkie transakcje B2B, poza KSeF pozostaną transakcje z konsumentami (B2C). Trzeba jednak pamiętać, że KSeF przewiduje możliwość wystawiania faktur na rzecz osób nieprowadzących działalności gospodarczej (B2C) oraz umożliwia konsumentom dostęp do tych faktur. Podstawą wystawienia faktury zawsze pozostanie żądanie konsumenta, natomiast przedsiębiorca będzie mógł dowolnie wystawić ją albo w KSeF, albo w inny sposób (w wersji papierowej lub elektronicznej). Tym niemniej wystawienie faktury dla konsumenta w KSeF nie zwalnia przedsiębiorcy z obowiązku przekazania konsumentowi danych umożliwiających dostęp do faktury w KSeF - takich, jak: kod QR bądź alternatywnie numer KSeF faktury w połączeniu z numerem NIP sprzedawcy i datą wystawienia faktury.